「都道府県知事に提出」とあるように、認定は都道府県ごとに行なっています。
新潟県のエコファーマー認定の情報も公開されています。

有機農産物

• 種まき又は植え付け前２年以上、禁止された農薬や化学肥料を使用していない田畑で栽培する。
• 栽培期間中も禁止された農薬、化学肥料は使用しない。
• 遺伝子組換え技術を使用しない。

「有機ＪＡＳマーク」は、登録認定機関が検査した結果、認定された事業者のみが貼ることを許されます。
また、「有機ＪＡＳマーク」がない農産物が「有機」「オーガニック」などの名称や紛らわしい表示をすることは法律で禁止されています。

つまり、「有機ＪＡＳ米」「有機栽培米」は、農薬と化学肥料の両方を使用せずに生産されたお米。
有機肥料を使っていることが第一なわけじゃないんです。
誤解していました。
私と同じように、「有機栽培米＝化学肥料を使わず有機肥料を使って生産された米」と誤解している人が多いことは、平成１６年度食料品消費モニター第１回定期調査結果の概要を見ると、よく分かります。

農林水産省の「特別栽培農産物に係る表示ガイドライン」に沿って栽培されたお米を云います。
特別栽培農産物の定義は、「生産された地域の慣行レベル（各地域の慣行的に行われている化学合成農薬及び化学肥料の使用状況のこと）に比べて、化学合成農薬の使用回数が50％以下、かつ化学肥料の窒素成分量が50％以下で栽培された農産物」となっています。（参照元：農林水産省：農林水産関係用語集（タ行））

新潟県特別栽培農産物認証制度など、都道府県独自の特別栽培農産物認証制度を設けているところもあります。

関連リンク

• 農林水産省特別栽培農産物に係る表示ガイドラインのページ
• 農林水産省「特別栽培農産物に係る表示ガイドラインパンフレット」（PDF：480kb）